Program unggulan SMP Muhammdiyah 31 Jakarta:
1. Kurikulum Nasional dan Syariah berbais IT
2. Kelas Peminatan (Bilingual, Tahfidz, Science, dan Digital)
3. Tahfidz dengan metode Tilawati
4. Baca Tulis Al-Qur’an
5. Character Building
6. Literasi Berkarya
7. Ekstrakurikuler Beragam