Untuk membangun budaya sekolah yang mengajarkan dan mendorong terwujudnya perilaku beriman dan bertakwa kepada Allah SWT. serta memiliki karakter juara adalah salah satu misi SMP Muhammadiyah 31 Jakarta.
Budaya SMP Muhammadiyah 31 Jakarta antara lain;
- Budaya 3S (Senyum, Salam, Sapa)
- Program Sholat Dhuha; Dilakukan sebelum kegiatan belajar mengajar dimulai
- Program Tilawati dan Hafalan Pagi; Menargetkan siswa dan siswi untuk lulus dengan jumlah hafalan 3 juz (Juz 30, Juz 1, dan Juz 1)
- Program Kultum Dzuhur
- Program Selasa Sehat
- Program Hari Ber-Muhammadiyah
- Program Literasi; Siswa dan siswi SMP Muhammadiyah sudah mengeluarkan 7 judul buku antologi cerpen.
